علی شمخانی درمورد برخی از اعتراضات نسبت به بررسی FATF در مجمع تشخیص مصلحت نوشت: کج سلیقگی در کنش های سیاسی به شعله ور شدن اختلافات سیاسی و افزایش کدورت ها منجر می‌شود.
نقش شمخانی و دبیرخانه‌اش در عدم احیای برجام را نمی‌توان نادیده گرفت؛ چنانچه محمود واعظی رئیس دفتر رئیس جمهوری دولت دوازدهم گفته بود اگر دبیرخانه همسو بود، چه بسا در همان دولت دوازدهم برجام احیا می‌شد.
قالیباف و شمخانی در میانه خط یک (میانه‌روها) و خط دو (تندروها) نقش «خط۳» را بازی می‌کنند؛ عنوانی که در صف‌بندی‌های اوایل انقلاب ریشه دارد، اما امروز چهره‌ها و نیرو‌هایی متفاوت این خط را نمایندگی می‌کنند. قالیباف و شمخانی شاخص‌ترین نماد‌های «خط۳ جدید» هستند
مثالی در ادبیادت فارسی است «دست پیش گرفتن برای اینکه پس نیفتند» به این معنی که تقصیر را به گردن دیگری انداختن؛ طلبکاری کردن در عین آگاهی به اینکه بدهکار است. این درست مثل دریادار علی شمخانی دبیر سابق شورای عالی امنیت ملی است. کسی که شاید در یک کشور دیگر به دلیل سومدیریت و ابهامات زیاد در حوزه خود و خانواده‌اش می‌بایست نه صرفا به افکار عمومی بلکه به دستگاه قضایی پاسخ می‌داد. اما امروز به جای پاسخگوی به مدیریت پرهزینه خود در مهمترین رکن تصمیم‌گیری در ساختار نظام حاکمیتی کشور در جایگاه یک شاکی نشسته که سه رئیس جمهور سابق را نه نقد بلکه متهم کند. این درحالی است که فراموش کرده خود در جایگاه متهم ردیف اول در این نابسامانی‌هاست.
روحانی هیچ قصدی برای واکنش به خروج آمریکا از برجام نداشت.
او می‌خواست به تلافی، موانع قاچاق مواد مخدر و ورود افغانستانی‌ها به اروپا را بردارد، اما این راهش نبود. ما قانون راهبردی را طراحی کردیم که تنها راه مقابله بود!
علی شمخانی صاحب ۵ فرزند است که نام سه فرزند او یعنی حسن، حسین و زینب تاکنون در پرونده‌های مختلف مطرح شده است. او چندین برادرزاده، برادر، داماد، قوم و خویش و حتی معاون دارد که در موارد مختلف به مسائل مالی متهم شده‌اند.
در حالی برخی رسانه‌ها خبر داده اند که علی شمخانی ، دبیر سابق شورای‌عالی امنیت ملی، خود را برای حضور در کارزار انتخابات ریاست‌جمهوری آماده می‌کند که این روزها شاهد دو برداشت متفاوت از او هستیم.
«چه در داخل و چه در خارج وقتی می‌فهمند اطلاعاتی که خیلی از روزنامه‌ها و رسانه‌های دیگر و حتی صداوسیما ندارد، اما این رسانه دارد و روی آن کار می‌کند، خب مشخص است که برد دارد. روی این حساب بالاخره یکسری کار‌ها انجام می‌شد. در حقیقت در ارتباط با برجام این‌ها خطی داشتند که برجام اتفاق نیفتد. در عمل نمی‌گفتند، ولی رفتار همین بود.»
«اما و صد، اما که خود آقای شمخانی زیرک نیز می‌داند چرا بازتاب اجتماعی عمل مجاهدانه آن‌ها گونه‌ای دیگر است، چرا مردم بجای تشکر باید سرزنش کنند ودر هر محفل ومجلس باید صحبت ایشان و فرزندان وی و سایرین باشد؟ مردم در جریان درست اطلاعات و اطلاع‌رسانی نیستند وتاکنون ندیده ونشنیده‌اند فعالان اقتصادی کلان، گزارشی از نقطه آغاز وفراز و فرود خود را به مردم ارائه دهند.»
خبرگزاری برنا نوشت: یک منبع آگاه خبر بازداشت موعود شمخانی معاون فنی سابق سازمان منطقه آزاد اروند و برادرزاده علی شمخانی دبیر سابق شورای عالی امنیت ملی را تایید کرد و گفت: وی به اتهام دریافت رشوه و فساد مالی در آبادان بازداشت شده است.